Gene Map

SND1-Map from Weekly BioAnalysis, November 2011

SND1inhibitor 에 관한 Pre-Research Weekly bioanalysis의 주제중 Discovery in liver cancer cells provides new target for drugs 라는 제목의 분석이 있었다. 내용을 정리해보자면 RNA-induced silencing complex (RISC)가 Hepatocellular Carcinoma의 발생에 큰영향을 미치며 그 기작에는 AEG-1과 SND1이 관여한다는내용이었다. 특히 SND1을 저해할수있다면 RISC가 암 발병에 관여하는 기작을 저해시켜 궁극적으로 암치료에 도움이 된다는 내용이다. 임상에 들어갈만한 SND의 inhibitor를 찾는것이 어렵지만 찾는다면 매우 효과적인 항암치료제가 될 수 있다고 한다.

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Inhibitor를 찾기 위한 연구를 수행하기전에 검색!"SND-1"

PCI정보①

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Mapping 결과 먼저 PCI Validation에서 가장 높은 스코어로 잡힌것은 SND1의 Ligand인 Citric Acid로 밝혀졌다.
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PCI정보②

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CTD PSI DB와 STITCH DB에서도 정보가 나왔지만 PDB Ligand DB의 정보와 마찬가지로 Citric Acid와 Methylated Arginine의 바인딩 정보 를 다시 확인 할 수 있었고 나머지는 특별한 Binding 정보가 없는 Citric Acid와 유사한 다른 biochemical Acid/Chemical이거나 혹은 Relaxing의해 선택된 Hepatoma 관련 약품이었다. PCI Validation에서 특별한 다른 화합물들이 걸리지는 않았으나 세부 데이터에서 Methylated Arginine의 binding site를 찾은 것은 나름대로의 수확이다.

PPI정보①

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앞 페이지의 PPI데이터에서 일부분을 링크를 따라 확인한 학술자료들이다. Pubmed로 링크되어 abstract를 확인 할 수 있다. 얼핏 보기에는 SND1과 전혀관계없는 junk data로 보인다.
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그러나 각 abstract가 표기하고있는 p100은 SND1의 alias일 뿐이다. SND1로만 검색하면 절대나오지 않는것들까지 geneWorkFlow의 DB검색은 자동으로 찾아서 표기해 준다. 이로서 우리는 SND1이 Epstein-Barr Virus 와도 관련이 있다는 것도 알게 됐다. SND1에 관련된 질병은 애초에 Target이었던 hepatocellular Carcinoma외에도 많을 수 있다는 것이 추측이 되고 이는 Disease 쪽 DB에 걸린 정보들을 보면 확인 할 수 있다. 그러나 우리의 애초의 목적은 inhibitor에 관련된것이니 생략.

Conclusion

SND1의 의 Binding compound인 (1R,2S)-1-hydroxypropane-1,2,3-tricarboxylic acid 와 Ligand인 Citric Acid 의 정보는 PCI Validation을 통해 쉽게 확인 할 수 있었다. 다만 Chemical Compound에 대한 정보가 적게 나왔다. PCI Interaction DB 검색결과를 통해 methylated arginine binding 사이트를 찾을 수 있었다. 이를 이용한 Inhibitor 후보군의 규정이 가능하다. PPI interaction DB 검색 결과를 통해 SND1의 interaction에 관하여 좀더 입체적인 개념을 잡을수있고 이에 따라 inhibitor 후보군을 단순 Chemical Compound 뿐 아니라 단백질, RNA, 관련된 단백질을 이용한 2차 화합물까지 넓혀 볼 수 있다. 또한 다른 질병에 사용되는 약물까지도 인식의 범위를 넓혀 볼 수 있다.
Source Institution: Virginia Commonwealth University Massey Cancer Center
Source Author: Byoung Kwon Yoo
Original Link: http://www.sciencedaily.com/releases/2011/03/110322172241.htm